El Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) es un instrumento financiero de la Comisión Europea cuya finalidad es fortalecer la cohesión económica y social en la Unión Europea corrigiendo los desequilibrios entre sus regiones, cofinanciando las políticas de gasto público desarrolladas por los estados-miembros y dirigidas a la consecución de dicho objetivo.

Como Organismo Intermedio, en el periodo 2017-2013 de FEDER,  la SGAD ha certificado  proyectos en el Programa Operativo de Economía basada en el conocimiento (POEC) (regiones Convergencia y Phasing-out) y en los Programas Regionales de Competitividad de Aragón, Baleares, Cataluña, Cantabria, Madrid, Navarra, La Rioja y País Vasco. Las distintas actuaciones y programas que la SGAD  impulsó fueron desarrolladas en el Eje 1, Tema Prioritario 13: Servicios y Aplicaciones para el ciudadano y en el eje 7, asistencia técnica, Tema Prioritario 85: Preparación, ejecución, seguimiento e inspección.

Las regiones objetivo del POEC fueron: Galicia, Andalucía, Castilla-La Mancha, Extremadura, Asturias, Región de Murcia, Ceuta y Melilla, siendo la ayuda comunitaria del 80% y la contribución nacional del 20%. Mientras que en los Programas Operativos Regionales, la ayuda comunitaria fue  del 50% y la contribución nacional del 50%.

Dentro de estas líneas de actuación SGAD certificó los proyectos que constituyen el núcleo de la infraestructura y servicios comunes y que facilitan la implantación de la Administración Electrónica en la Administración General del Estado.